Задачей отдела является организация деятельности министерства здравоохранения Красноярского края по:

1. управлению в установленном порядке краевыми государственными учреждениями здравоохранения, краевыми государственными образовательными учреждениями среднего профессионального образования и краевыми унитарными предприятиями в сфере здравоохранения и лекарственного обеспечения  и финансовому обеспечению их деятельности;
2. финансовому обеспечению деятельности министерства;
3. организации исполнения краевого бюджета в части здравоохранения и лекарственного обеспечения;
4. осуществлению реализации целевых программ в случаях, установленных федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, законами края, правовыми актами Губернатора края и Совета администрации края, соглашениями между федеральными органами исполнительной власти и Советом администрации края о передаче осуществления части полномочий;
5. осуществлению реализации среднесрочных планов развития сферы здравоохранения;
6. разработке и установлению заданий по обеспечению государственных гарантий оказания гражданам Российской Федерации бесплатной медицинской помощи на территории края;
7. выдаче краевым государственным учреждениям здравоохранения разрешений на оказание платных медицинских услуг;
8. реализации мероприятий, направленных на развитие системы медицинского страхования граждан Российской Федерации, проживающих на территории края.