29 января 2020 года в актом зале КрасГМУ прошла конференция трудового коллектива и обучающихся вуза, на которой были рассмотрены следующие вопросы:
- Выборы ректора КрасГМУ. Кандидаты на должность ректора КрасГМУ представили свои программы по развитию университета, состоялось их обсуждение и тайное голосование.
В поддержку кандидата А.В. Протопопова в прениях выступили Заместитель председателя Правительства Красноярского края А.В. Подкорытов, Министр здравоохранения Красноярского края Б.М. Немик, председатель краевого профсоюза работников здравоохранения Е.В. Чугуева и главные врачи, а также сотрудники и студенты вуза.
По итогам голосования, которые были представлены счетной комиссией,  ректором ФГБОУ ВО КрасГМУ им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого Минздрава России избран Протоповов Алексей Владимирович, набравший 143 голоса из 157 возможных.

Кандидат избран большинством голосов. 

Алексей Протопопов, депутат краевого Законодательного собрания был назначен временно исполняющим обязанности ректора Красноярского государственного медицинского университета 26 августа 2019 года.

Доктор медицинских наук Алексей Владимирович Протопопов — уроженец Красноярска, выпускник того же самого мединститута, а ныне университета, который сейчас и возглавил. Всю жизнь проработал в краевой клинической больнице. Начал с должности врача кабинета по контрастным и внутрисердечным методам исследования. Сейчас Алексей Протопопов является доктором медицинских наук, а также всемирно известным рентгенхирургом, основателем школы рентгенхирургии в Красноярске.  

С 2008 года и до нового   назначения — руководитель регионального сосудистого центра.

В 2011 году Алексей Протопопов был избран депутатом краевого Законодательного собрания, он входит в состав комитета по охране здоровья и социальной политике.